境内自然人境外投资不属于商务主管部门管理范畴。根据《境外投资管理办法》第二条本办法所称境外投资，是指在中华人民共和国境内依法设立的企业（以下简称企业）通过新设、并购及其他方式在境外拥有非金融企业或取得既有非金融企业所有权、控制权、经营管理权及其他权益的行为。